Para añadir una regla de impuestos en WHMCS es necesario acceder al apartado Reglas de impuestos, en la categoría Formas de pago dentro de Ajustes.
Para añadirla, deberemos hacer clic en la pestaña Agregar nuevo impuesto

Reglas de impuestos para España
Si deseamos configurar las diferentes opciones para España, podemos utilizar el siguiente ejemplo como referencia:

Además, indicamos cómo sería la configuración de la regla específica para nuestro país:

Esta regla debería duplicarse para el resto de países miembros de la Unión Europea, siempre y cuando no estuviésemos dados de alta para comercio intracomunitario.